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墨滴

阿越1229

2022/01/04  阅读:54  主题:嫩青

R语言画更好看的PCA图

使用R语言画更好看的PCA图,主要使用了ggplot2、factoextra、FactoMineR这3个R包。

本次示例使用R语言自带的iris数据集。

加载包和数据

library(ggplot2)
library(factoextra)
library(FactoMineR)

取数据的前4列

df <- iris[c(1234)]
iris.pca<- PCA(df, graph = FALSE)
fviz_pca_ind(res.pca,
             geom.ind = "point"# show points only
             pointsize =3,
             pointshape = 21,
             fill.ind = iris$Species, # color by groups
             palette = "lacent"# c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07")
             addEllipses = TRUE# Concentration ellipses
             legend.title = "Groups",
             title="")+
  theme_bw() +
  theme(text=element_text(size=14,face="plain",color="black"),
        axis.title=element_text(size=16,face="plain",color="black"),
        axis.text = element_text(size=14,face="plain",color="black"),
        legend.title = element_text(size=16,face="plain",color="black"),
        legend.text = element_text(size=14,face="plain",color="black"),
        legend.background = element_blank(),
        legend.position=c(0.9,0.1)
       )

画出图如下:

pca
PCA
PCA

这个包的厉害之处就在于可以使用ggplot2进行修改,大家可以根据自己的喜好进行修改。

阿越1229

2022/01/04  阅读:54  主题:嫩青

作者介绍

阿越1229

黄金矿工。