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墨滴

谢大飞

2021/08/02  阅读:39  主题:默认主题

Ubuntu系统安装使用Docker

环境配置

这次使用的是阿里云的云服务器ECS,选择的是Ubuntu系统,所以里面自带apt-get,如果买的是轻量应用服务器的话就是CentOS系统里面没有自带apt

apt是一个Ubuntu系统上一个软件管理的工具,能够帮助你自动安装软件

但是如果直接安装Docker的话不能直接安装上最新的版本,所以需要先更新源,把docker的下载地址导入到apt的软件安装源里面

# 更新源
sudo apt update

#安装Docker依赖的软件
sudo apt install apt-transport-https ca-certificates curl gnupg-agent software-properties-common

#添加需要的安装来源
curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg | sudo apt-key add -    #下载源将其添加到apt的安装里面

sudo add-apt-repository "deb [arch=amd64] https://download.docker.com/linux/ubuntu $(lsb_release -cs) stable"       #对刚刚安装的源进行注册

#安装docker以及器需要的别的包
sudo apt install docker-ce docker-ce-cli containerd.io

#添加用户因为普通用户不能使用docker
#当然我们买的云服务器是root权限的,所以可以不需要添加用户
sudo usermod -aG docker 用户名

# 查看docker是否正常启动
sudo service docker status

docker正常启动情况

docker启动
docker启动

小tips:查看服务器的系统 我还以为阿里云服务器默认系统就是Ubuntu系统,没想到轻量级应用服务器用的是centos系统 然后去到官网找到相应的系统的下载方法 Install Docker Engine on Ubuntu(https://docs.docker.com/engine/install/ubuntu/)

lsb_release -a          # 查看服务器的版本号

管理docker服务

docker 需要一个后台的守护进程,这个守护进程可以用下面命令管理


sudo service docker start                       #启动docker服务

sudo service docker restart                     #重启服务

sudo service docker stop                        #暂停服务

sudo service docker status                      #确认docker的运行状态

下载管理docker镜像

这里需要到docker的官网去查找需要的镜像Docker Hub(https://hub.docker.com/)

查找镜像
查找镜像

去里面搜索需要的镜像然后复制代码即可 docker中的镜像都是放在一个公共的地方统一进行管理的,所以在下载镜像之后不会直接看到镜像存在的目录,但是如果是同一个服务器下的用户也能看到别人的镜像

# 下载 最新的Ubuntu镜像

docker pull ubuntu 

# 查看所有的镜像

docker images

#删除指定的镜像
docker rmi ubuntu(名字或者ID号)

# 搜索需要的镜像
docker search 

# 下载进行
docker pull 

管理容器

#使用交互模式it启动ubuntu容器 并且进入到bash里面
docker run -it ubuntu bash

# 退出Ubuntu容器
exit

# 查看所有的容器
docker ps -a

# 交互式启动容器
docker exec -it 5479ee15b24f bash

# 直接运行容器
docker exec 5479ee15b24f pwd

# 停止容器

docker stop 5479ee15b24f 

# 删除容器
docker rm 5479ee15b24f 

在Ubuntu中安装blast软件

#创建交互模式的Ubuntu
docker run -it ubuntu bash

# 使用apt来安装wget
apt update

apt install wget

# 使用官网链接来下载blast
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.12.0+-x64-linux.tar.gz

tar -zxvf ncbi-blast-2.12.0+-x64-linux.tar.gz           #解压

# 测试blast能否使用
/opt/ncbi-blast-2.12.0+/bin/blastp


制作镜像

#将安装有blast的Ubuntu容器制作成指定名称的镜像

docker commit -m 'add blast' 6c09e5192928 xyf/blast

谢大飞

2021/08/02  阅读:39  主题:默认主题

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谢大飞