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墨滴

谢大飞

2021/06/15  阅读:59  主题:默认主题

R包安装

包是 R 函数、实例数据、预编译代码的集合,包括 R 程序,注释文档、实例、测试数据等

查看已安装/载入的R包

library()    #查看已安装的R包

search()      #查看已载入的R包
查看已经安装的R包
查看已经安装的R包
查看已经载入的R包
查看已经载入的R包

安装R包

R包的来源主要有三种:

  1. 来自CRAN的包
  2. 来自bioconductoe的包
  3. 来自github的包

安装来自CRAN的包

可到CRAN的镜像中查找CRAN.r_project(https://cran.r-project.org/) CRAN_R包

install.packages("ggplot2")    #安装R包 括号里面写入需要安装的包的名字

默认是从官方的镜像进行下载,速度较慢,所以可以改为国内的镜像

options(repos = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
#使用命令行去修改镜像

或者可以直接选择需要的镜像,在导航条的Tools里面选择最下方的Global Options 配置镜像1 选择一个国内的镜像即可 配置镜像2

安装新的R包的时候,有些R包下载的比较快有些比较慢甚至还会失败,这时候呢就再试几次就好啦

R包安装
R包安装

来自bioconductor的包

bioconductor(http://bioconductor.org/)是生物信息学相关的社区

Bioconductor
Bioconductor

安装Biocondutor里面的R包的时候需要先导入BiocManager然后再去安装需要的R包

使用说明
使用说明
install.packages("BiocManager")    #导入BiocManager

BiocManager::install("EnhancedVolcano")  #安装需要的R包
Bioc安装R包
Bioc安装R包

来自github的R包

有些软件包会放在Github上,版本可能更新的比较及时,因为上传到Bioconductor需要审核 我们下载的时候用Bing搜索相应的R包的名字,然后跳转到Github上面找到下载的方法 Github安装R包

#使用devtools安装
install.packages('devtools')

devtools::install_github('kevinblighe/PCAtools')

#使用BiocManager安装
install.packages('BiocManager')

BiocManager::install('PCAtools')

但是GitHub直接安装的话有时候会报错(有时候甚至跳转Github都很难),所以可以将R包下载到本地之后导入到Rstudio里面

Github下载源码
Github下载源码

导入Rstudio

install.packages("C:Desktop/rvcheck_0.1.8.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
# 填入下载的位置

或者直接选择Tools中的Install Packages然后在Install from里面选择Package Archive File,再找到需要导入的R包即可

本地导入
本地导入

安装R和Rstudio以及配置镜像写在之前的推文里面啦配置R语言环境

谢大飞

2021/06/15  阅读:59  主题:默认主题

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谢大飞