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墨滴

谢大飞

2021/08/06  阅读:39  主题:默认主题

conda安装与使用

conda简介

Conda is an open source package management system and environment management system for installing multiple versions of software packages and their dependencies and switching easily between them. It works on Linux, OS X and Windows, and was created for Python programs but can package and distribute any software.

conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本,miniconda则是精简版

可以根据自己的需要来安装相应的软件,一般安装使用miniconda

conda的安装流程

1. 下载conda

可以根据conda的清华镜像源去进行下载


wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh        #清华的镜像源latest的版本的话就是说以后一直会更新最新的版本


一定要加-c参数,这样的话就算网络出现问题也会在联网的时候继续下载(最好直接使用清华的镜像去下载,这样速度比较快

2.安装conda

使用bash去运行脚本,以sh结尾的文件,除了bash 之外还可以使用 ./ 去运行

chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh         #刚下载好的安装包没有可执行权限,所以需要先给权限

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh              #运行.sh 

因为我是全新的没有安装任何软件的服务器,所以就直接一路yes下来,好像没有看到说要将conda添加到环境配置里面 只是会问你是否接受许可条款和初始化conda我都选的yes conda安装

但.bashrc文件里面有conda的路径

3. 运行conda

虽然安装好了,但是输入conda回车还是说找不到

所以需要运行一下conda的activate文件,首先需要确定activate文件是否有可执行权限,我的打开就是绿色的显示可以执行,如果是白色就使用chmod 777 activate去加上权限

cd miniconda3/bin       #转到miniconda的bin文件夹下

source activate             #运行

运行完activate之后就可以看到进入到conda的环境里面

4. 添加频道

conda在国内有很多镜像,我一般会选择添加清华的镜像

#添加镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

添加完镜像之后可以查看一下,然后把defaults删掉

conda config --set show_channel_urls yes            #显示已经安装的频道

conda config --get channels                             #查看安装的频道

vim ~/.condarc                                              #编辑conda的配置文件
镜像配置
镜像配置

5. 创建独立环境

不能将需要用的软件或者其他要用的东西装在base环境中

创建一些独立的环境会比较方便我们做项目管理

建议: base环境中不要安装任何的包,保持干净,除非你知道这个包会对原生的环境造成什么样的影响

conda create -n rnaseq   #创建conda小环境 - -n 用来指定环境的名称
conda create -n database python=3.7.3    #指定环境中需要带的python的版本
 
conda activate rnaseq     # 启动小环境

conda deactivate           #退出小环境

conda env list  / conda info --env    #查看共有多少个小环境

conda remove -n python --all     #删除conda小环境

软件安装

可以直接使用conda去安装一些我们需要用到的软件,比如我之后要搭建的blast

搜索哪些软件可以用conda下载

  1. 网站查询

https://anaconda.org/search https://bioconda.github.io/

  1. conda search XXX

  2. 关键词搜索

指定安装软件的版本(以fastqc为例)

在不指定版本的情况下,conda默认安装该软件的最新版,如果要安装旧的版本方法:

  1. 先看看有哪些可以安装的版本 conda search fastqc

  2. 安装指定版本的软件

conda install fastqc=0.11.7

添加-y参数跳过确认的步骤 conda install -y fastqc=0.11.7

安装找不到软件的包

  1. 确定一下conda是否能安装我们需要的软件
  2. 确定名字是不是输入正确(尤其要注意,因为我不怎么长眼睛)
  3. 确定好我们要安装的包在conda中的名字

查看conda中已经安装的软件

conda list     #查看当前环境下用conda安装的软件

conda list fast*   # 查看符合正则表达式的软件

conda list -n base    # 查看指定环境下用conda安装的软件

删除软件

conda remove fastqc   # 删除该环境中的软件

conda remove -n rnaseq fastqc   # 删除指定环境下的软件

升级软件

conda update fastqc  #升级指定的软件

conda update conda    #升级conda本身

小tips

  1. conda可以一次安装多个软件包
  2. 有时候只要软件比如说我们的conda不影响我们的使用就不需要去管
  3. 指定下载该软件的旧版本就可以完成该软件的降级

Mamba的安装和使用

mamba简介

mamba并没有重新把conda全部写一遍,而是加速了其中一些限速度的步骤 1,对conda install 进行改造,使其可以并行下载

  1. 增加了一些新的功能

  2. 除了启动环境之外所有conda的命令都可以用mamba来替代

安装

  1. 切换到base 环境中进行使用 conda activate base 确保我们确实是在base 环境中
  2. 在base 环境中安装mamba conda install mamba

装在base 环境中的包在所有的小环境中依然可以调用,因此装在base环境中之后不需要再每个环境中再重新安装一遍

使用

  1. 搜索软件 mamba search fastqc
  2. 安装软件 mamba install fastqc
    下载的界面有点酷哦 mamba使用

不管是搜索软件还是安装软件,都会比直接用conda快上很多

除了启动环境外,所有的conda的命令都可以使用mamba代替

mamba可以很方便的查看安装的软件之间的依赖关系

mamba repoquery depends -t samtools   #查看这个软件依赖什么软件

mamba repoquery whoneeds -t python   #查看谁依赖这个软件

参考教程:

conda的安装与使用文字教程

2021公益课(linux基础 & conda) 视频教程,可能会更详细

之前跟着教程安装过几次,这不是有了新的服务器就再从头安装一遍哈哈哈哈哈

谢大飞

2021/08/06  阅读:39  主题:默认主题

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谢大飞